Optimización del procesamiento de muestras de Scaptotrigona sp. para estudios del microbioma

Las abejas sin aguijón (tribu Meliponini) enfrentan desafíos como la pérdida del hábitat y la exposición a agroquímicos, que disminuyen sus poblaciones y ponen en riesgo la estabilidad de los ecosistemas y la seguridad alimentaria. La salud de las abejas está estrechamente relacionada con los microorganismos que conforman su microbioma, por lo que identificar su estructura y funcionalidad permite desarrollar estrategias para la preservación de los meliponidos. Este propósito se puede lograr mediante metagenómica shotgun, sin embargo, esta técnica requiere un protocolo optimizado para el procesamiento de muestras, desde el muestreo de las abejas en campo hasta la extracción del ADN del microbioma en el laboratorio, ya que, estos pasos son cruciales para la representación precisa de los microorganismos del intestino. El objetivo de este trabajo fue la optimización del procesamiento de muestras de Scaptotrigona sp., la abeja sin aguijón más abundante en Ecuador, para estudios del microbioma. Se implementaron estrategias de muestreo asépticas y de inanición en la recolección de individuos en nidos de este género en las provincias de El Oro (n = 5) y Napo (n = 21), además de su almacenamiento en alcohol al 99% y congelación. En el laboratorio se optimizó el protocolo de extracción del kit Wizard® Genomic DNA Purification de ADN del microbioma empleando el intestino completo. Inicialmente se utilizó como organismo base Apis mellifera, después se probó el protocolo en Scaptotrigona sp. y se realizaron modificaciones. Se encontró que entre los dos protocolos para tejido animal del mismo kit, se obtiene ADN de mayor pureza y concentración con el protocolo hígado/cerebro. De igual forma, la eficiencia del protocolo mejora al aumentar el tiempo y disminuir la temperatura de la incubación con solución de lisis. Finalmente se comprobó una relación inversa entre el tiempo de inanición y la pureza del ADN recuperado, por lo que se recomienda no realizar esta estrategia en el muestreo.

• Autor Principal: Chinchín Fernández, Jhoel Alejandro (author)
• Formato: bachelorThesis
• Publicado: 2025
• Subjects: SCAPTOTRIGONA SP.; MICROBIOMA; OPTIMIZACIÓN DE MUESTRAS; EXTRACCIÓN DE ADN; METAGENÓMICA
• Acceso en liña: https://repositorio.espe.edu.ec/handle/21000/46912