Análisis genómico de un aislado Colletotrichum sp. causante de antracnosis en tomate de árbol y naranjilla. - Bermeo Salazar, Daniela Janneth (2024)
La antracnosis es una enfermedad fúngica causada por los hongos del género de Colletotrichum, que afecta a varios tejidos de la planta como tallo, hojas y frutos, a nivel de fruto producen necrosis generando una pérdida total de la producción. Estos hongos son uno de los principales fitopatógenos a nivel mundial y generan grandes pérdidas económicas. Estas especies han demostrado poseer gran variabilidad genética, así como selectividad de hospedero. En el Ecuador la producción de frutos como el tomate de árbol y la naranjilla se han visto gravemente afectados por la antracnosis o llamada “ojo de pollo”. En este estudio se realizó un análisis genómico de un aislado de Colletotrichum que infecta a tomate de árbol y naranjilla. Para esto se realizó la limpieza de las lecturas obtenidas de la secuenciación de Illumina con Trimmomatic, seguido de esto se compararon diferentes métodos de ensamblaje, obteniendo mejores resultados con la herramienta de SPAdes (N50 > 1 Mb). Se utilizó Funannotate para la anotación del genoma. Seguido de esto para la identificación de posibles efectores relacionados con la virulencia y la especificidad, se utilizó SignalP y EffectorP. Se realizó la construcción del pangenoma con la aplicación de Anvio y se determinaron las secuencias únicas efectoras para este aislado de Colletotrichum mediante la herramienta de CD HIT. Obteniendo como resultado seis secuencias de proteínas como posibles efectores, cuatro de ellas poseen funciones enzimáticas como la cutinasa, metaloproteasa, la proteína con dominio de unión a celulosa, proteína con dominio de unión a FAD. Se evidenció la presencia de una proteína con dominio de inducción de necrosis y una proteína no caracterizada sin dominios conservados.