Estudio de la interacción de la proteína albumina sérica humana con diversos ligandos utilizando dinámica molecular - Chávez Velasco, Iván Fabricio (2022)
El objetivo del presente Proyecto de Investigación fue estudiar el sistema complejo entre la proteína albumina sérica humana (HSA) y distintos ligandos usando dinámica molecular para analizar cambios conformacionales en la interacción proteína – ligando. Se obtuvo los archivos moleculares de una base de datos y mediante un algoritmo en Python se realizó el preprocesamiento de las estructuras a través de la mutagénesis. Luego, se utilizó softwares para visualizar el mejor modelo generado y la dinámica molecular se ejecutó con GROMACS. Los complejos fueron modelados con el campo de fuerza CHARMMm36 y CGenFF. Para la preparación de la muestra se aplicaron aspectos fisiológicos como: inclusión de protones al sistema, creación de una celda unitaria, establecer las propiedades de contorno y la inclusión de moléculas de agua. Se estableció las propiedades dinámicas del complejo interactuando con ensambles de temperatura constante y con presión constante. Para cada fase se configuró el modelado a través de archivos mdp donde se asignan parámetros de integración de tiempo y algoritmos de acoplamiento. La simulación se ejecutó durante 10 nanosegundos y al final se extrajo los resultados mediante archivos de datos. Se obtuvó resultados físicos que describen cada sistema. También valores del RMSD y el radio de giro que describen la dinámica, demostrando diferencias en los valores que se producen durante la interacción de la proteína con cada tipo de ligando. Se mostró la existencia de valores muy distintos en aquellas mediciones que describen la estructura y la elasticidad de la interacción proteína ligando. Se concluyo que la HSA tiene cambios estructurales dependiendo del ligando con el que interactúa esto puede aumentar o disminuir sus propiedades físicas y se recomienda hacer una extensión del análisis de los ligandos en los sitios de enlace.