Agrupación de genes en ciencia intensiva: Comparación y análisis de tendencia mediante el índice de estabilidad biológica. - Urgilés Andrade, Miguel (2019)
Esta investigación evalúa el rendimiento de los algoritmos de agrupación más conocidos utilizando el índice de estabilidad biológica (BSI). Se realizó una comparación entre los algoritmos de agrupación, para determinar de estos cuál es el óptimo según el puntaje obtenido en cada algoritmo, la agrupación de génica en Ciencia Intensiva, el mismo que utiliza bases de datos extensas para cubrir casi todos los resultados que pudiesen ocurrir realmente. Se aplica este método a una base de datos de expresión de genes (Microarray). El análisis se lo realizó a la base de datos “mouse” incluida en el paquete clValid en el software R, para el estudio de las células mesenquimales de ratones (cresta neural y el mesodermo derivado), también se utiliza métodos gráficos como los dendogramas para un primer enfoque. Para la selección del algoritmo óptimo, se calculó el índice biológico de estabilidad para cada algoritmo de agrupación siendo el mejor, el que más cerca de la unidad se encuentre. En consecuencia, el algoritmo más estable para dicha base de datos es “Diana”. Para llegar a este resultado se visualizó gráficamente el número de clústeres con la respuesta obtenida en cada caso; se tomó como el algoritmo óptimo el que más se apegue a la realidad del problema teniendo en cuenta su puntaje en los índices y además con la ayuda de un gráfico de filogenética para un ultimo enfoque.