Estudio de la microbiota fungica asociada a suelos de bosques nativos y plantaciones forestales usando técnicas independientes de cultivo en la provincia de Chimborazo.
El objetivo de este estudio fue estudiar la microbiota fúngica asociada a suelos de bosques nativos y plantaciones forestales usando técnicas independientes de cultivo, para lo cual se recolectaron 10 muestras de suelo en diferentes localidades de la provincia de Chimborazo, las muestras fueron envi...
-д хадгалсан:
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|---|---|
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| Хэвлэсэн: |
2021
|
| Нөхцлүүд: | |
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| Шошгууд: |
Шошго нэмэх
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| description | El objetivo de este estudio fue estudiar la microbiota fúngica asociada a suelos de bosques nativos y plantaciones forestales usando técnicas independientes de cultivo, para lo cual se recolectaron 10 muestras de suelo en diferentes localidades de la provincia de Chimborazo, las muestras fueron enviadas al laboratorio para su procesamiento. La extracción de ADN genómico fue tercerizada por la empresa IDgen en Quito, la cual utilizó el kit de extracción Herculase II Fusion DNA Polymerase Nextera XT y el protocolo recomendado por la empresa. Para la preparación de librerías se utilizó el protocolo ITS Metagenomic Sequencing Library Preparation Part # 15044223 Rev. B. La plataforma utilizada para el secuenciamiento fue Illumina MiSeq, la secuenciación fue de 300 pares de bases (bp) pair end, y fue realizada en la empresa Macrogen Korea. Se realizó un procesamiento adicional de la secuencia utilizando Mothur versión 1.39.5. Las secuencias se agruparon previamente para disminuir el error de secuenciación y se realizaron la detección y eliminación de quimeras. Finalmente, las secuencias fúngicas se clasificaron utilizando la base de datos UNITE-ITS. Todas las secuencias se agruparon en 97% de unidades taxonómicas operativas (OTU). Se utilizó una estadística descriptiva y multivariada de tipo no paramétrica para el análisis de información. Todos los análisis fueron realizados en el programa R versión 4.0. La secuenciación del microbioma fúngico generó 816 342 secuencias que pertenecieron a suelos de bosques nativos, 412 796 secuencias de suelos de plantaciones forestales y finalmente 135 658 secuencias del suelo alterado. Se concluye que los suelos de plantaciones forestales presentaron menor diversidad fúngica en relación a los suelos de bosques nativos que presentaron mayor diversidad fúngica. Se recomienda realizar estudios y aislamiento de hongos en los suelos de bosques nativos de mayor diversidad presentados en este estudio, para evaluar el potencial de estos en silvicultura. |
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La plataforma utilizada para el secuenciamiento fue Illumina MiSeq, la secuenciación fue de 300 pares de bases (bp) pair end, y fue realizada en la empresa Macrogen Korea. Se realizó un procesamiento adicional de la secuencia utilizando Mothur versión 1.39.5. Las secuencias se agruparon previamente para disminuir el error de secuenciación y se realizaron la detección y eliminación de quimeras. Finalmente, las secuencias fúngicas se clasificaron utilizando la base de datos UNITE-ITS. Todas las secuencias se agruparon en 97% de unidades taxonómicas operativas (OTU). Se utilizó una estadística descriptiva y multivariada de tipo no paramétrica para el análisis de información. Todos los análisis fueron realizados en el programa R versión 4.0. La secuenciación del microbioma fúngico generó 816 342 secuencias que pertenecieron a suelos de bosques nativos, 412 796 secuencias de suelos de plantaciones forestales y finalmente 135 658 secuencias del suelo alterado. Se concluye que los suelos de plantaciones forestales presentaron menor diversidad fúngica en relación a los suelos de bosques nativos que presentaron mayor diversidad fúngica. Se recomienda realizar estudios y aislamiento de hongos en los suelos de bosques nativos de mayor diversidad presentados en este estudio, para evaluar el potencial de estos en silvicultura.The aim of this research was to study the fungal microbiota associated with soils of native and plantations forest using independent cultivation techniques, for that reason, 10 soil samples were collected in different localities of the province of Chimborazo, the samples were sent to the processing laboratory. Genomic DNA extraction was outsourced to IDgen in Quito, which used the Herculase II Fusion DNA Polymerase Nextera XT extraction kit and the company recommended protocol. For library preparation, the protocol ITS Metagenomic Sequencing Library Preparation Part # 15044223 Rev. B was used. The platform used for sequencing was Illumina MiSeq, the sequencing was 300 base pairs (bp) pair end, and was performed at Macrogen Korea. Additional sequence processing was executed using Mothur version 1.39.5. The sequences were pre-clustered to reduce sequencing error, chimera detection and elimination were performed. Finally, fungal sequences were classified using the UNITE-ITS database. All sequences were grouped into 97% operational taxonomic units (OTU). Descriptive and multivariate nonparametric statistics were used for data analysis. All analyses were performed in R software version 4.0. The sequencing of the fungal microbiome generated 816 342 sequences belonging to native forest soils, 412 796 sequences from forest plantation soils and finally 135 658 sequences from disturbed soil. It is concluded that the forest plantation soils presented lower fungal diversity in relation with the native forest soils, which presented higher fungal diversity. It is recommended to carry out studies and isolation of fungi in native forest soils of higher diversity presented in this study, to evaluate their potential in silviculture.Escuela Superior Politécnica de ChimborazoÁlvarez Romero, Pablo IsraelRodríguez Guerra, Juan Hugo2022-06-15T21:34:36Z2026-02-24T16:22:17Z2021-11-22info:eu-repo/semantics/bachelorThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfQuintero García, Bexy Stephania. (2021). Estudio de la microbiota fungica asociada a suelos de bosques nativos y plantaciones forestales usando técnicas independientes de cultivo en la provincia de Chimborazo. Escuela Superior Politécnica de Chimborazo. Riobamba.https://dspace.espoch.edu.ec/handle/123456789/15939spaUDCTFRN;33T00320info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ec/reponame:Repositorio Escuela Superior Politécnica de Chimborazoinstname:Escuela Superior Politécnica de Chimborazoinstacron:ESPOCH2026-02-24T16:22:18Zoai:dspace.espoch.edu.ec:123456789/15939Institucionalhttp://dspace.espoch.edu.ec/Universidad públicahttps://www.espoch.edu.ec/es/http://dspace.espoch.edu.ec/oai.Ecuador...opendoar:17502026-02-24T16:22:18Repositorio Escuela Superior Politécnica de Chimborazo - Escuela Superior Politécnica de Chimborazofalse |
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