Estudio de la microbiota fungica asociada a suelos de bosques nativos y plantaciones forestales usando técnicas independientes de cultivo en la provincia de Chimborazo. - Quintero García, Bexy Stephania (2021)
El objetivo de este estudio fue estudiar la microbiota fúngica asociada a suelos de bosques nativos y plantaciones forestales usando técnicas independientes de cultivo, para lo cual se recolectaron 10 muestras de suelo en diferentes localidades de la provincia de Chimborazo, las muestras fueron enviadas al laboratorio para su procesamiento. La extracción de ADN genómico fue tercerizada por la empresa IDgen en Quito, la cual utilizó el kit de extracción Herculase II Fusion DNA Polymerase Nextera XT y el protocolo recomendado por la empresa. Para la preparación de librerías se utilizó el protocolo ITS Metagenomic Sequencing Library Preparation Part # 15044223 Rev. B. La plataforma utilizada para el secuenciamiento fue Illumina MiSeq, la secuenciación fue de 300 pares de bases (bp) pair end, y fue realizada en la empresa Macrogen Korea. Se realizó un procesamiento adicional de la secuencia utilizando Mothur versión 1.39.5. Las secuencias se agruparon previamente para disminuir el error de secuenciación y se realizaron la detección y eliminación de quimeras. Finalmente, las secuencias fúngicas se clasificaron utilizando la base de datos UNITE-ITS. Todas las secuencias se agruparon en 97% de unidades taxonómicas operativas (OTU). Se utilizó una estadística descriptiva y multivariada de tipo no paramétrica para el análisis de información. Todos los análisis fueron realizados en el programa R versión 4.0. La secuenciación del microbioma fúngico generó 816 342 secuencias que pertenecieron a suelos de bosques nativos, 412 796 secuencias de suelos de plantaciones forestales y finalmente 135 658 secuencias del suelo alterado. Se concluye que los suelos de plantaciones forestales presentaron menor diversidad fúngica en relación a los suelos de bosques nativos que presentaron mayor diversidad fúngica. Se recomienda realizar estudios y aislamiento de hongos en los suelos de bosques nativos de mayor diversidad presentados en este estudio, para evaluar el potencial de estos en silvicultura.