Evaluación del campo de fuerza Charmm27 implementado en NAMD para la simulación de ADN G-Cuádruple Tetramoleculares y Paralelos.
El presente trabajo de investigación se realizó en el Laboratorio de Química Computacional y Teórica de la Universidad San Francisco de Quito en la ciudad de Quito con el propósito de estudiar el Ácido desoxirribonucleico (ADN) G-Cuádruple que es de gran interés debido a la participación en procesos...
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| Main Author: | |
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| Format: | bachelorThesis |
| Language: | spa |
| Published: |
2015
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| Subjects: | |
| Online Access: | https://dspace.espoch.edu.ec/handle/123456789/4808 |
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Add Tag | Summary: | El presente trabajo de investigación se realizó en el Laboratorio de Química Computacional y Teórica de la Universidad San Francisco de Quito en la ciudad de Quito con el propósito de estudiar el Ácido desoxirribonucleico (ADN) G-Cuádruple que es de gran interés debido a la participación en procesos celulares. La conformación molecular de los G-Cuádruples se ha obtenido experimentalmente vía Resonancia Magnética Nuclear (RMN) o Cristalografía de rayos X. Sin embargo, se desconoce los detalles del proceso de formación de estas estructuras a partir de segmentos de ADN de doble cadena. Con este fin, se da a conocer la evaluación del campo de fuerza CHARMM27 para estas estructuras mediante simulaciones utilizando el software Dinámica Molecular a Nanoescala (NAMD). Sé evaluó dos estructuras de ADN G-Cuádruple de similar secuencia, para la preparación del modelo se utilizó el paquete de Visualización de Dinámica Molecular (VMD) y se analizó las conformaciones estructurales a lo largo de una trayectoria de 200 nanosegundos con el uso de las herramientas de GROMACS Tools y Aprendizaje de Máquina. Los resultados obtenidos para las configuraciones de ambos sistemas fueron comparados con la información de datos experimentales y se encontró que las simulaciones de Dinámica Molecular son capaces de reproducir los valores experimentales con un margen de error menor al 10%. En conjunto, estos resultados proporcionan pruebas sustanciales de la formación de estructuras G-Cuádruple en condiciones fisiológicas (25° Centígrados en presencia de cloruro de sodio NaCl, 1 atmósfera). En este estudio para obtener resultados más robustos se recomienda a los investigadores tomar en cuenta análisis como Función de Distribución Radial, ángulos del esqueleto del ADN, Análisis de Componente Principal, entre otros. |
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