NefrOmics: Análisis transcriptómico de diferentes líneas celulares del tejido renal humano mediante herramientas bioinformáticas - Pérez Meza, Álvaro Alexander (2021)
El incremento de las enfermedades renales ha impulsado la búsqueda de nuevos blancos terapéuticos. La gran cantidad de datos del transcriptoma y proteoma humano ha catapultado el uso de herramientas bioinformáticas para buscar estas dianas. En ese contexto, se propone el uso de este abordaje para analizar datos del transcriptoma de diferentes tipos celulares del tejido renal humano. Analizamos genes sobreexpresados (Z score ≥2) y con un porcentaje de sobreexpresión celular ≥ 50% en las células de los túbulos renales, pericitos 1 y 2, podocitos, células mesangiales/fibroblastos, células musculares lisas vasculares (vSMC), NKT, células T, macrófagos y células endoteliales. Posteriormente, construimos tres redes de interacción proteína-proteína y mediante ontología génica identificamos procesos biológicos, funciones moleculares y componentes celulares asociados a enfermedades renales. Encontramos 419 genes sobreexpresados en 6 tipos celulares. En los podocitos encontramos más del 80% de estos genes sobreexpresados (352). En las células mesangiales encontramos 13 genes, NKT 41 genes, en los pericitos-1 4 genes, en las vSmM 8 genes y en las células T 1 gen. Los resultados de los podocitos se pueden explicar por su función en el filtrado de moléculas, pero también ya que estas células pueden desencadenar su propio sistema inmune. Además, proteínas exosomales y proteínas trasportadoras participan en la respuesta inmune innata lo cual pone de manifiesto la red de interacción de estas proteínas. En nuestro estudio también destacamos la sobreexpresión de proteínas ribosomales, deshidrogenasas y proteínas del choque térmico. A pesar de que algunas de estas proteínas parecen tener un rol protagónico en algunas enfermedades como la ECR, no todas han sido reportadas en el desarrollo de patologías renales lo que amerita su estudio.