Identificación de genes de la ruta metabólica de la cafeína en ensamblajes de genomas en diferentes especies de café silvestres nativas de Madagascar y África - Black Guevara, Jordan Daniel (2024)
Cuenta la leyenda que el consumo del café empieza por parte de un pastor el cual veía comer a sus cabras “cerezas rojas” y estas comenzaban a actuar de una forma más animada con respecto a lo habitual, también por el consumo de estas pepas por parte de esclavos, los cuales tenían energía suficiente para continuar con sus arduas actividades diarias. Es así que el café ha venido consumiéndose desde años atrás hasta convertirse hoy en día en la bebida más consumida alrededor del mundo, por lo tanto, el alcaloide psicoactivo legal más ingerido globalmente. Se busca identificar los genes de la ruta metabólica de la cafeína en ensamblajes de 17 genomas de especies de café silvestres nativas de Madagascar y África, donde se llevó en marcha un flujo de trabajo en Lubuntu (v20.04) usando grandes paquetes de análisis como algoritmos para mapear proteínas contra genomas (exonerate v2.4.0), algoritmos para gestionar el formato gff (gffread v.0.12.7 y EMBOSS v6.6.0), algoritmos para crear alineamientos múltiples (muscle v5.1.0) y algoritmos para inferencia filogenética (FastTree v2.1.11), usando los genes de referencia de C. canephora: XMT (xantosina 7 N-metiltransferasa) (AFV60437.1) , MXMT (7-metilxantina metiltransferasa) (AFV60435.1) y DXMT (3,7-dimetilxantina metiltransferasa o cafeína sintasa) (AFV60434.1) y los controles positivos y negativos: C. humblotiana y C. canephora. Se llegó a la conclusión que la ruta metabólica de la cafeína necesita obligatoriamente los aceptores de metilo XMT y MXMT para que así entre en acción la DXMT y sintetice este alcaloide, es decir para que exista la presencia de cafeína deben estar presentes los 3 genes mencionados, con estos resultados se pudo validar la metodología empleada ya que se pudo detectar la presencia de estos.