Composición de las comunidades de hongos micorrízicos arbusculares asociados a banano (Musa sp.) de cuatro fincas del cantón Macará

Las plantaciones de banano (Musa spp.) representan en muchos países tropicales un porcentaje importante de su PIB; sin embargo, estos cultivos enfrentan desafíos de sostenibilidad por las prácticas agrícolas intensivas que impactan la microbiota del suelo, incluyendo los hongos micorrízicos arbusculares (AMF). Los AMF establecen relaciones simbióticas cruciales con la mayoría de las plantas, mejorando la absorción de nutrientes y la resiliencia al estrés, pero su diversidad y composición en sistemas de producción de banano, especialmente en Ecuador, permanecen poco caracterizadas. Este estudio tuvo como objetivo principal determinar la estructura y diversidad de las comunidades de AMF asociadas a las raíces de banano en cuatro fincas distintas del cantón Macará, Loja, utilizando análisis de metabarcoding basados en secuenciación Illumina MiSeq® del marcador LSU 28S ADNr. Un objetivo secundario crucial fue comparar la precisión y eficacia de dos pipelines bioinformáticos ampliamente utilizados: USEARCH y QIIME2 con DADA2, para evaluar la robustez de las inferencias ecológicas. Se colectaron 12 muestras de raíces (3 por finca) y se extrajo el ADN genómico. Tras la amplificación mediante PCR anidada y secuenciación, los datos crudos fueron procesados independientemente por ambos pipelines. USEARCH/UPARSE generó 305 OTUs, mientras que QIIME2/DADA2 infirió 494 ASVs. La determinación taxonómica, utilizando como referencia la base de datos MaarjAM, reveló una composición consistente en ambos métodos: el orden Glomerales domina las comunidades de HMA, pero los géneros más representativos fueron Glomus y Acaulospora dentro del orden Diversisporales. La presencia y dominancia de Acaulospora en muestras específicas (M1 y M7), se detectaron por ambos métodos bioinformáticos. Adicionalmente, los análisis de diversidad alfa, estadísticamente no evidenciaron variabilidad entre muestras individuales, sugiriendo niveles similares de riqueza y equitatividad a escala de finca. Además, se evidenció que la intensidad de muestreo no alcanzó para capturar un porcentaje representativo de los HMA. Sin embargo, el factor sitio (finca) explica aproximadamente el 36,16 % con el enfoque de OTUs y el 11,23 % desde la perspectiva de las ASVs, de la variabilidad observada. Es así que es necesario examinar otros factores bióticos o abióticos que contribuyan a entender el ensamblaje de las comunidades de HMA.

• Autor principal: Cevallos Solórzano, Stefania (author)
• Formato: masterThesis
• Publicado: 2025
• Materias: Micorrizas; Secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento; Metabarcoding; Metagenómica; Biodiversidad del suelo; Bananas - Ecuador
• Acceso en línea: https://repositorio.puce.edu.ec/handle/123456789/47979