Obtención y caracterización del genoma de Agrobacterium tumefaciens a partir del metagenoma de tumores de rosa - Carrillo Fonseca, Denise Ariana (2023)
Agrobacterium tumefaciens es una bacteria Gram negativa patógena que afecta a plantas, causante de la enfermedad de agalla de la corona en rosas. El Ecuador es reconocido mundialmente por su gran variedad de flores de exportación, entre ellas las rosas. Sin embargo, son pocos los estudios a nivel molecular relacionados con patógenos que causan enfermedades a esta planta. Es así como un enfoque de estudio metagenómico de tumores de agalla de corona permitirá ampliar el conocimiento relacionado con su estructura taxonómica y funcional. Por lo que el presente trabajo tuvo por objetivo aplicar herramientas de análisis metagenómico para la obtención y caracterización del genoma de Agrobacterium tumefaciens a partir del metagenoma de tumores de rosa. La composición taxonómica del metagenoma reveló que Pantoea, Agrobacterium, Pseudomonas y Sphingomonas fueron los géneros más abundantes y presentes de manera concurrente en ambas herramientas de clasificación. Sin embargo, a nivel de especie, se observaron divergencias en la asignación, aunque Pantoea agglomerans prevaleció como la especie más común en ambas. A partir del ensamblaje del metagenoma se obtuvo el genoma de P. agglomerans con una integridad del 100%, contaminación del 0.52% y un ANI del 98.49%. A nivel funcional el metagenoma presentó un total de 12351 CDSs, 7 tRNAs, 126 tRNAs y 2 tmRNAS. Por medio del mapeo del genoma de referencia de Agrobacterium tumefaciens contra las lecturas crudas, se ensambló el 0.861% del genoma, debido al limitado número de lecturas secuenciadas. A pesar de que no se recuperó por completo el genoma de A. tumefaciens, el organismo fue seleccionado como el más probable de causar tumores en la muestra. Considerando que, se recuperó la secuencia del plásmido Ti en un 69.23% y no se identificaron genes de virulencia para P. agglomerans.