Identificación de elementos genéticos transponibles de clase II en el genoma de Drosophila amaguana (Diptera, Drosophilidae)
La diversidad y abundancia de elementos genéticos móviles en la mayoría de los genomas eucariotas han hecho que estas secuencias de DNA moderadamente repetitivo sean importantes para el estudio y compresión de algunos mecanismos de regulación génica y variabilidad genética en muchas especies. La inv...
Shranjeno v:
| Glavni avtor: | |
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| Format: | masterThesis |
| Izdano: |
2023
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| Teme: | |
| Online dostop: | https://repositorio.puce.edu.ec/handle/123456789/27466 |
| Oznake: |
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Označite | Izvleček: | La diversidad y abundancia de elementos genéticos móviles en la mayoría de los genomas eucariotas han hecho que estas secuencias de DNA moderadamente repetitivo sean importantes para el estudio y compresión de algunos mecanismos de regulación génica y variabilidad genética en muchas especies. La investigación tiene la finalidad de identificar de novo, clasificar y caracterizar los elementos transponibles (ETs) clase II presentes en el genoma de Drosophila amaguana, una especie endémica neotropical que habita en los bosques andinos del Ecuador. Las secuencias de elementos móviles se anotaron estructuralmente a partir del genoma ensamblado (455.5 Mb) de D. amaguana utilizando el pipeline The Extensive De Novo TE Annotator (EDTA), el cual agrupa programas con distintos algoritmos para una identificación de novo de elementos transponibles en todo el genoma. La caracterización de un elemento completo en cada superfamilia de transposones TIR (una subclase de ETs de DNA de repetición terminal invertida) se realizó a través de dot plots con DOTTER, y la anotación funcional se llevó a cabo con Artemis. Se encontró que el 11.87 % del genoma de D. amaguana corresponde de elementos transponibles, del cual el 7.87 % pertenece a transposones de DNA, incluyendo ocho superfamilias como Mutator, CACTA, y, Helitron, siendo estas tres las que mostraron mayor abundancia en el genoma de D. amaguana, a ellas se suma la presencia de superfamilias PIF/Harbinger, Tc1/Mariner, hAT, Maverick, y, elementos P. Estos resultados constituyen el primer reporte sobre el contenido de elementos móviles de una especie neotropical en el Ecuador, y serán el punto de partida de análisis posteriores para comprender los procesos adaptativos y evolutivos del grupo mesophragmatica en los bosques andinos. |
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