Ensamblaje y caracterización del genoma mitocondrial de Drosophila amaguana (Diptera: Drosophilidae) - Machado Balladares, Neal Gonzalo (2023)
Drosophila amaguana, es una especie andina perteneciente al grupo mesophragmatica, que a su vez pertenece a la radiación virilis-repleta del subgénero Drosophila esta especie es de gran tamaño y se caracteriza por habitar bosques andinos con vegetación alta, baja luminosidad y mucha humedad. D. amaguana es un organismo de interés, debido a que tiene uno de los genomas mitocondriales más grandes del género Drosophila, se estima que el tamaño de su genoma podría alcanzar unas 600 Mb (datos no publicados). En este estudio se realizó el ensamblaje del genoma mitocondrial de Drosophila amaguana. La información de este genoma es importante para esclarecer las relaciones filogenéticas entre las especies del grupo mesophragmatica. Utilizando los datos de secuenciación illumina, mediante herramientas bioinformáticas como NOVOPlasty 4.3, bowtie2, IGV, BBMap y GEPARD, se ensambló y caracterizó el genoma mitocondrial de D. amaguana. Además, se comparó con el genoma de la especie de referencia Drosophila melanogaster. Los resultados demostraron que existe diferencias de tamaño en los genomas mitocondriales de D. melanogaster 19523 pb y D. amaguana 15078 pb. Además de encontrarse que D. melanogaster tiene muchos satélites en el bloque final de su genoma mitocondrial. A través del web server MITOS, se identificaron los genes mitocondriales del genoma de D. amaguana: 37 genes (2 ARNr, 22 ARNt y 13 polipéptidos implicados en la fosforilación oxidativa), número similar a los genes mitocondriales encontrados en otras especies de este género. Adicionalmente con los genes mitocondriales COX 1 y COX 2 se construyó en árbol de distancia genética con especies neotropicales.