Ensamblaje y anotación del genoma de Actinomyces sp. a partir de datos metagenómicos del tracto digestivo de la mosca soldado Hermetia illucens - Rodríguez Cervantes, Edison Geovanny (2023)
El objetivo de este trabajo de investigación fue ensamblar y anotar el genoma de Actinomyces sp, a partir de datos metagenómicos del tracto digestivo de Hermetia illucens en estado larvario para buscar e identificar genes y rutas metabólicas de interés en el proceso de biotransformación de residuos sólidos.Para este trabajo se inició con la eliminación de lecturas del hospedero, se trabajó con los programas FastQC para el control de calidad de las lecturas, Trimmomatic para la limpieza de secuencias, Dedupe-BBMap para eliminación de datos duplicados, Bowtie2 y Samtools para eliminar la contaminación de la secuencia, Bedtools. Para el ensamblaje y la anotación del genoma se empleó la plataforma bioinformática KBase, se inició con el programa Kaiju para clasificación taxonómica, meta SPAdes, MEGA HIT, e IDBAUD, para el ensamblaje, KB para comparar resultados y determinar el mejor ensamblaje, para la agrupación (binning) de los contigs se empleö MaxBin2, MetaBAT2 y CONCOCT, la optimización de los grupos (bins) se realizó mediante DAS-Tool y la evaluación de la calidad de los grupos en CheckM. Se procedió con la extracción de un grupo de interés mediante BinUntil, finalmente la anotación del genoma se lo realizo en RAST. Para la búsqueda de genes y rutas metabólicas se utilizó DRAM.En los resultados se encontró que la muestra analizada tiene 41% de guanina y citocina; se muestra una presencia de Actinobacterias de 2% en la secuencia analizada, el mejor ensamblaje del metagenoma lo ejecutó metaSPAdes, y se logró optimizar 15 bins, el bin correspondiente a Actinomyces sp. fue el bin 8.En la búsqueda de rutas metabólicas con DRAM en el complejo de transporte de electrones Actinomyces muestra rustas metabólicas como la ruta de Embden-Meyerhoff y la ruta Entner-Doudoroff; así mismo presentó rutas para el metabolismo del nitrógeno, donde se transforma nitrito en nitrato y viceversa; este microorganismo puede ser de interés en la degradación de material con presencia de nitrógeno como pesticidas, y degradación de materia orgánica, así como en la producción de gas metano, no se pudo comprobar la presencia de genes que participen en la hidrolisis de PET dentro del genoma de Actinomyces sp.