Pangenoma de cepas de Pseudomonas aeruginosa presentes en hospitales de Quito, Ecuador

Durante las últimas décadas en los estudios genómicos se ha usado el genoma de referencia como base de comparación, principalmente por el alto costo de secuenciación. Sin embargo, este genoma tiene ciertas limitaciones, al no ser el más común entre la especie y provenir de individuos de una ubicación geográfica específica, no representa la diversidad genética real y esto conlleva a una interpretación imprecisa de las variantes genéticas. Con el fin de solventar estas limitaciones se han desarrollado nuevas estrategias y una de ellas es el desarrollo de los pangenomas. El pangenoma es el conjunto de múltiples genomas donde se presenta un genoma central constituido por los genes consenso entre todas las secuencias y un genoma no esencial constituido por las secuencias únicas de cada individuo. Especies bacterianas como Pseudomonas aeruginosa poseen mecanismos de resistencia mediados por modificaciones genéticas, haciendo que estos patógenos sean altamente infecciosos y por lo tanto constituyen un problema de salud pública. Conocer a fondo estas modificaciones ayuda al desarrollo de nuevas dianas terapéuticas. En este proyecto se obtuvo el pangenoma de 42 secuencias de P. aeruginosa, extraídas de NCBI (Acceso: PRJNA946810), se usaron dos programas bioinformaticos, Pankmers y Anvi’o, ambos basados en Python.

• Auteur principal: Morales Caiza, Gabriela Nathaly (author)
• Format: masterThesis
• Publié: 2024
• Sujets: Bioinformática; Genómica comparada; Pseudomonas aeruginosa; Variación genética; Hospitales – Quito (Ecuador); Salud pública
• Accès en ligne: https://repositorio.puce.edu.ec/handle/123456789/43298