Comparación de herramientas de identificación de plásmidos - Terán Amores, Paulina Isabel (2023)
El interés en el mundo microbiano y la emergencia de nuevas herramientas de biología molecular y bioinformática ha favorecido el desarrollo de la metagenómica y la plasmidómica. Estas tecnologías han permitido el descubrimiento de microorganismos no cultivables y secuencias pertenecientes a proteínas de interés con potenciales aplicaciones biotecnológicas. Algunas de estas secuencias que confieren ventajas evolutivas a los microorganismos están presentes fuera del cromosoma, en los plásmidos. Consecuentemente, es importante contar con estudios comparativos de las herramientas existentes para la predicción de los plásmidos en datos metagenómicos. El presente trabajo de titulación pretende explorar y comparar tres herramientas disponibles para la clasificación de secuencias metagenómicas: PlasFlow, SOURCEFINDER Y PlasmidHunter, las cuales se emplearon para la clasificación de contigs resultantes del ensamblado de metagenoma de planta in vitro y tumor de corona de planta adulta de Rosa sp. En el conjunto de datos analizado, PlasFlow reportó el mayor número de fragmentos de plásmidos (5041), seguido de SOURCEFINDER (2647) y PlasmidHunter (148). En contraste, PlasmidHunter reportó mayores precisiones (hasta 100 %) y exactitudes (99.86 %) mientras que PlasFlow tuvo las mayores sensibilidades (33.28 %). Las diferencias pueden atribuirse a la arquitectura de las herramientas y a los datos que fueron empleados para su entrenamiento.