Análisis de Polimorfismos de Nucleótido Único (SNPs) y filogenia del gen phcA de las cepas de Ralstonia solanacearum de Ecuador - Villota Cárdenas, Daniela Johanna (2025)
El gen phcA actúa como regulador maestro en R. solanacearum, controlando la producción de EPS esenciales para la infección en el hospedador y desempeñando un papel central en la manifestación de la enfermedad del moko. Esta bacteria presenta una alta complejidad biológica, ya que puede vivir como saprófita alimentándose de materia orgánica, persistiendo en el ambiente hasta reiniciar el ciclo infeccioso. En este contexto, phcA constituye un elemento clave en los mecanismos de patogenicidad y virulencia. El presente estudio tuvo como objetivo analizar la filogenia del gen phcA en cepas de R. solanacearum de Ecuador y de otras regiones del mundo mediante la identificación de SNPs, con el fin de detectar variaciones genéticas entre individuos de una misma especie. Para ello, se empleó una metodología basada en el análisis de genomas completos de cepas aisladas en Ecuador, Brasil, Colombia, Perú, China, Corea del Sur, Filipinas, Estados Unidos y el Caribe, así como una cepa de referencia internacional (IBSBF1503), obtenida del repositorio NCBI. Adicionalmente, se incluyó una cepa de Ralstonia syzygii (NZ_CP174148.1) como grupo externo (outgroup). Las secuencias fueron alineadas utilizando la herramienta MEGA para la detección y clasificación de SNPs se realizó con Geneious Prime®. Los resultados revelaron la presencia de múltiples SNPs no sinónimos en la región codificante de phcA, asociados a cambios en aminoácidos con posible implicación funcional, especialmente en cepas provenientes de Asia (Corea del Sur y China) y América (Colombia y el Caribe). A diferencia de las cepas de Ecuador, Perú y algunas de Colombia no presentaron variaciones, lo que sugiere una conservación genética del gen en estas regiones. En el análisis filogenético por máxima verosimilitud (ML) mostró clados bien definidos que agrupan a las cepas sudamericanas (Ecuador, Colombia y Perú) junto con la cepa de referencia de Brasil, las cuales compartieron un nodo interno, evidenciando una estrecha relación evolutiva. En cambio, las demás cepas se ubicaron en clados más distantes, indicando divergencias filogenéticas. Este estudio aporta evidencia sobre patrones evolutivos diferenciales del gen phcA en función de la región geográfica y destaca su relevancia en la dinámica de virulencia.