Ensamble de novo y caracterización del genoma en Drosophila rucux (Diptera, Drosophilidae) - Casal Arroyo, Kevin Josué (2024)
El género Drosophila es un excelente modelo para la investigación en ecología y evolución, debido a su amplia diversidad y adaptaciones en diferentes ecosistemas. Sin embargo, la información disponible sobre la importancia de las especies dentro de Drosophila, a excepción de D. melanogaster, es limitada. Este estudio se centra en la obtención y análisis del genoma de D. rucux, una especie menos conocida, con el propósito de contribuir a una mejor comprensión de la diversidad genética y los patrones de adaptación en este grupo. Utilizando la herramienta de ensamblaje Masurca, se logró realizar un ensamblaje de novo del genoma (182 mb), y mediante el pipeline de FunAnnotate y Augustus, se predijeron y anotaron 19,805 secuencias codificadoras de proteínas. El análisis de elementos móviles reveló que aproximadamente el 17.5% del genoma se clasifica como secuencias repetitivas, incluyendo elementos de Clase I (como LINE, SINE, LTRy TRIM) y elementos de Clase II (como Helitron, MITE, MAVERICK y TIR). Los elementos de Clase I representaron el 25.8% de la muestra, con los elementos LTR siendo los más abundantes. La comparación con datos de D. melanogaster y otras especies del género indica que D. rucux presenta un porcentaje de elementos transponibles similar al de otras especies en el género.Los hallazgos de este estudio proporcionan una base valiosa para explorar las características ecológicas de D. rucux. Además, el análisis filogenético que se puede realizar con el genoma ensamblado permitirá investigar las relaciones evolutivas dentro del género Drosophila y su contexto evolutivo más amplio. Así, este trabajo no solo amplía nuestro conocimiento sobre la biología de D. rucux, sino que también sienta las bases para futuras investigaciones que busquen entender mejor las dinámicas ecológicas y evolutivas de este género fascinante.