Estandarización de un protocolo PCR para la detección de los agentes causales de la punta morada de la papa mediante la evaluación de primers específicos. - López Condo, Andrea Estefanía (2023)
Debido a la naturaleza endófita de los agentes causales de la punta morada de la papa no crecen en medios de cultivo, por lo que la detección se realiza mediante PCR. Así, el objetivo del trabajo fue comparar la eficiencia de cebadores reportados para la detección de fitoplasmas y CaLso. Se diseñaron cebadores que amplifican regiones específicas del gen 16S rRNA del patógeno, cuya secuenciación y comparación en bases de secuencias permite su identificación. Muestras de plantas de papa fueron colectadas con y sin síntomas de punta morada de las provincias de Pichincha, Cotopaxi y Carchi, de las cualesse extrajo ADN con CTAB. Se usó cuatro pares de primers en PCR anidada para fitoplasmas, y cuatro pares de primers en PCR directa para CaLso. Los pares de primers P1A/P7A y R16F2n/R16R2 en PCR anidada, generaron amplicones del tamaño reportado para la presencia de fitoplasmas en todos los órganos probados, con mayor intensidad de bandas en el gel en muestras de “escoba” y tubérculos, incluso en plantas asintomáticas. El par de primers Clipo/Oi2c generó amplicones del tamaño reportado para la presencia de CaLso, con intensidad de bandas en el gel mayor que cualquiera de los otros primers estudiados, la cual no varió al modificar temperaturas de annealing, concentraciones de ADN o MgCl2. Los análisis de secuencia y filogenético de los productos dePCR, corroboraron la identidad de Candidatus Liberibacter Solanacearum (CaLso). Los resultados confirman la utilidad de estos primers para detección de los patógenos estudiados incluso en etapas tempranas de la enfermedad con ventajas para diseñar estrategias de manejo