Genotipificación de cepas de Salmonella spp. de origen aviar mediante Oxford Nanopore Technologies (ONT).
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| Автор: | |
|---|---|
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| Опубліковано: |
2024
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| Предмети: | |
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| spelling | Genotipificación de cepas de Salmonella spp. de origen aviar mediante Oxford Nanopore Technologies (ONT).Genotyping Salmonella spp. strains of avian origin trough Oxford Nanopore Technologies (ONT).Tirado Agreda, Wagner DanielSecuenciación de tercera generación (TGS)Salmonella sppGenotipificaciónHerramientas BioinformáticasGenes de resistenciaSerotipoSecuenciación de nanoporos MinIONSequence of third generation (TGS)Genotyping, Bio-informatic toolsGenes of strengthSerotypeSequence of nanopores MinIONtablas.La secuenciación de tercera generación (TGS) de Oxford Nanopore Technologies (ONT) se destaca por su capacidad para genotipificar lecturas largas en tiempo real, lo que ha permitido obtener resultados rápidos y precisos. Esto facilita considerablemente el diagnostico de Salmonella spp. y facilita la toma de decisiones en el campo avícola. Por lo tanto, se constituye como una herramienta de apoyo para el Médico Veterinario. El objetivo principal de este estudio fue la genotipificación de cepas de Salmonella spp. de origen aviar mediante la secuenciación con ONT y el análisis posterior con herramientas bioinformáticas. Un total de 4 muestras fueron las analizadas en este estudio. Mediante la herramienta Resfinder v4.5.0 fueron identificados los genes de resistencia para sulfonamida, aminoglucósidos, quinolonas, betalactámicos, tetraciclinas, fenicol, nitrofurano, macrólidos y fosfomicina. Finalmente, los serotipos asociados a cada muestra correspondieron a S. Typhimurium S. Infantis y S. Corvallis, los cuales fueron identificados con las herramientas MLST, Seqsero2 v1.1.0 y SISTR. Los resultados obtenidos en este estudio evidencian la utilidad práctica de la genotipificación mediante secuenciación de nanoporos de Oxford Nanopore Technologies (ONT) en el diagnóstico y tratamiento de infecciones por Salmonella spp.The sequence of third generation (TGS) of Oxford Nanopore Technologies (ONT) it stands out for their capability to genotype long readings on real-time, allowing to obtain fast and accurate results. This provides a considerable diagnosis of Salmonella spp. and make it easy to take decisions in the poultry field. Thus, is a tool to support the Veterinarian. The main objective of study was the genotyping of Salmonella spp. strains of avian origin through the sequence with ONT and further analysis with bio-informatic tools. A total of 4 samples were analyzed on this study. Through the tool Resfinder v4.5.0 were identified the genes of strength for sulfonamide, aminoglycosides, quinolones, beta-lactam, tetracyclines, phenicol, nitrofuran, macrolides and fosfomycin. Finally, the serotypes associated to each sample correspond to a S. Typhimurium S. Infantis and S. Corvallis, that were identify with the tools MLST, Seqsero2 v1.1.0 and SISTR. The results obtained on this study show the practical utility of genotype through sequence of nanopores of Oxford Nanopore Technologies (ONT) in the diagnosis and treatment of infections by Salmonella spp.PregradoMédico Veterinario y ZootecnistaUniversidad Central del EcuadorFacultad de Medicina Veterinaria y ZootecniaQuitoCarrera de Medicina Veterinaria y ZootecniaCisneros Tamayo, Marco Vinicio2024-11-08T14:55:14Z2024-11-08T14:55:14Z2024Trabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTextinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion70 páginasapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/octet-streamTirado Agreda, W Genotipificación de cepas de Salmonella spp. de origen aviar mediante Oxford Nanopore Technologies (ONT). [Internet]. Quito: Universidad Central del Ecuador; 2024 [citado: 2024, noviembre] 70 páginashttps://www.dspace.uce.edu.ec/handle/25000/35182spaAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositorio de la Universidad Central del Ecuadorinstname:Universidad Central del Ecuadorinstacron:UCE2024-12-13T08:07:39Zoai:dspace.uce.edu.ec:25000/35182Institucionalhttp://www.dspace.uce.edu.ec/Universidad públicahttps://www.uce.edu.ec/http://www.dspace.uce.edu.ec/oai.Ecuador...opendoar:24872024-12-13T08:07:39Repositorio de la Universidad Central del Ecuador - Universidad Central del Ecuadorfalse |
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