Epidemiología molecular en Acinetobacter baumannii-complex resistente a carbapenémicos utilizando amplificación por reacción en cadena de la polimerasa de elementos palindrómicos extragénicos repetitivos de aislamientos en una casa de salud de la ciudad de Quito

Introducción.- Acinetobacter baumannii-complex es un cocobacilo gramnegativo no fermentador, catalasa positivo, no motil; microorganismo de baja virulencia pero conocido por ser un patógeno oportunista causante de infecciones en pacientes hospitalizados e inmunocomprometidos. Objetivo.- Se pretende...

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Autor principal: Sucuy Lalon, John Hernán (author)
Format: bachelorThesis
Idioma:spa
Publicat: 2017
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Accés en línia:http://www.dspace.uce.edu.ec/handle/25000/14904
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description Introducción.- Acinetobacter baumannii-complex es un cocobacilo gramnegativo no fermentador, catalasa positivo, no motil; microorganismo de baja virulencia pero conocido por ser un patógeno oportunista causante de infecciones en pacientes hospitalizados e inmunocomprometidos. Objetivo.- Se pretende identificar genes de betalactamasas tipo OXA y su relación clonal entre aislados clínicos de A. baumannii-complex resistente a múltiples drogas incluyendo carbapenémicos en un hospital público de la ciudad de Quito. Materiales y métodos.- La identificación de las cepas se realizó usando una batería completa de pruebas bioquímicas, la prueba de susceptibilidad fue mediante el método de difusión en disco y también con el equipo automatizado Vitek (concentración mínima inhibitoria; MIC). Se amplificaron mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) genes tipo OXA-23, OXA-24/40, OXA-51, OXA-58, OXA-14, la relación clonal se determinó por amplificación de elementos palindrómicos extragénicos repetitivos (REP-PCR). Resultados.- El tipo de muestra más común fue de aspirado traqueal, en las unidades de cuidados intensivos. Todas estas cepas fueron resistentes a los carbapenémicos, se identificaron genes tipo OXA-23 y OXA-51 en 26 aislados, un aislado presentó sólo el gen OXA-23 y dos el gen OXA- 51. De los 29 aislados clínicos, 17 fueron concentrados dentro de 6 grupos clonales. Los aislados clínicos tuvieron orígenes variados dentro de la casa de salud, UCI el servicio del cual se obtuvieron la mayor cantidad de aislados, seguido de las unidades emergencia, medicina interna, unidad de quemados entre otros. El tipo de muestra más habitual resulto ser el aspirado traqueal 41%, seguido de muestra de sangre 28% y secreción de herida con el 21%, el restante 10% correspondió a muestras de líquido ascítico y esputo. Todas las cepas resultaron ser resistente a múltiples drogas (MDR), entre ellas a los carbapenémicos relacionado esta resistencia con la presencia intrínseca de la carbapenemasa de tipo OXA-51 y resistencia adquirida mediante el plásmido de la OXA-23. Conclusión.- La unidad de cuidados intensivos fue la más afectada, debido a la aparición de sucesivos brotes de diferentes genotipos de A. baumannii-complex MDR. Se evidencia la diversidad clonal que podría deberse a una posible circulación endémica o colonización de pacientes por diferentes cepas de A. baumannii-complex. La mayoría de los aislados presentaron la combinación de dos tipos de carbapenemasa tipo OXA. La OXA-23 y OXA-51.
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Materiales y métodos.- La identificación de las cepas se realizó usando una batería completa de pruebas bioquímicas, la prueba de susceptibilidad fue mediante el método de difusión en disco y también con el equipo automatizado Vitek (concentración mínima inhibitoria; MIC). Se amplificaron mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) genes tipo OXA-23, OXA-24/40, OXA-51, OXA-58, OXA-14, la relación clonal se determinó por amplificación de elementos palindrómicos extragénicos repetitivos (REP-PCR). Resultados.- El tipo de muestra más común fue de aspirado traqueal, en las unidades de cuidados intensivos. Todas estas cepas fueron resistentes a los carbapenémicos, se identificaron genes tipo OXA-23 y OXA-51 en 26 aislados, un aislado presentó sólo el gen OXA-23 y dos el gen OXA- 51. De los 29 aislados clínicos, 17 fueron concentrados dentro de 6 grupos clonales. Los aislados clínicos tuvieron orígenes variados dentro de la casa de salud, UCI el servicio del cual se obtuvieron la mayor cantidad de aislados, seguido de las unidades emergencia, medicina interna, unidad de quemados entre otros. El tipo de muestra más habitual resulto ser el aspirado traqueal 41%, seguido de muestra de sangre 28% y secreción de herida con el 21%, el restante 10% correspondió a muestras de líquido ascítico y esputo. Todas las cepas resultaron ser resistente a múltiples drogas (MDR), entre ellas a los carbapenémicos relacionado esta resistencia con la presencia intrínseca de la carbapenemasa de tipo OXA-51 y resistencia adquirida mediante el plásmido de la OXA-23. Conclusión.- La unidad de cuidados intensivos fue la más afectada, debido a la aparición de sucesivos brotes de diferentes genotipos de A. baumannii-complex MDR. Se evidencia la diversidad clonal que podría deberse a una posible circulación endémica o colonización de pacientes por diferentes cepas de A. baumannii-complex. La mayoría de los aislados presentaron la combinación de dos tipos de carbapenemasa tipo OXA. La OXA-23 y OXA-51.Introduction. - A. baumannii-complex, is a non-fermenting, gram-negative coccobacillus, catalase positive, non-motile. A microorganism with low virulence but known for being an opportunistic pathogen causing infections in hospitalized and immunocompromised patients. Objective. - To identify OXA beta-lactamase genes and the clonal relationship between clinical isolates of multi-drug resistant A. baumannii-complex including carbapenemics in a public hospital in the city of Quito. Materials and methods. - The identification of the strains was performed by using a complete set of biochemical tests. The susceptibility test was performed with both the disk diffusion method and the Vitek automated equipment (minimum inhibitory concentration MIC). The type OXA-23, OXA-24/40, OXA-51, OXA-58, OXA-14 genes were amplified by the polymerase chain reaction (PCR), clonal relationship was determined by amplification of repetitive extragenic palindromic elements REP-PCR. Results. - The most common type of sample was tracheal aspirate, in intensive care units. All of these strains were resistant to carbapenems, OXA-23 and OXA-51 genes that were identified in 26 isolates. One isolate presented only the OXA-23 gene and two the OXA-51 gene. Of the 29 clinical isolates, 17 were concentrated Within 6 clonal groups. The clinical isolates had variable origins within the health home, ICU the service from which the largest number of isolates were obtained, followed by emergency units, internal medicine, burn unit among others. The most common type of sample turned out to be tracheal aspirate 41%, followed by blood sample 28% and wound secretion with 21%. The remaining 10% corresponded to samples of ascites fluid and sputum. All strains were found to be multidrug resistant (MDR), including carbapenems related to this resistance with the intrinsic presence of carbapenemase type OXA-51 and resistance acquired by the OXA-23 plasmid. Conclusions. - The intensive care unit was the most affected, due to the appearance of successive outbreaks of different A. baumannii-complex MDR genotypes. There is evidenced the clonal diversity could be due to a endemic circulation or colonization of patients by different strains of A. baumannii-complex. The majority of isolates presented the combination of two types of carbapenemasa type OXA. OXA-23 and OXA-51. Key words: Acinetobacter, Betalactamase, endemic, outbreak, MDR, clone, OXAQuito: UCEReyes Chacón, Jorge Aníbal2018-03-21T23:19:33Z2018-03-21T23:19:33Z2017info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisapplication/pdfSucuy Lalon, John Hernán (2017). Epidemiología molecular en Acinetobacter baumannii-complex resistente a carbapenémicos utilizando amplificación por reacción en cadena de la polimerasa de elementos palindrómicos extragénicos repetitivos de aislamientos en una casa de salud de la ciudad de Quito.Trabajo de titulación previo a la obtención del Título de Bioquímico Clínico. Carrera de Bioquímica Clínica. Quito: UCE 63 p.BIBLIOTECA GENERAL - CIENCIAS QUÍMICAShttp://www.dspace.uce.edu.ec/handle/25000/14904spahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ec/info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositorio de la Universidad Central del Ecuadorinstname:Universidad Central del Ecuadorinstacron:UCE2024-12-11T09:26:01Zoai:dspace.uce.edu.ec:25000/14904Institucionalhttp://www.dspace.uce.edu.ec/Universidad públicahttps://www.uce.edu.ec/http://www.dspace.uce.edu.ec/oai.Ecuador...opendoar:24872024-12-11T09:26:01Repositorio de la Universidad Central del Ecuador - Universidad Central del Ecuadorfalse
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