Ensamblaje de genoma de Sphingobium yanoikuyae a partir de datos de secuenciación de Illumina y PACBIO archivados en la base de datos de NCBI - Andrade González, Karol Sarai (2024)
Sphingobium yanoikuyae es una bacteria perteneciente a la familia Sphingomonadaceae, se caracteriza porque degrada varios compuestos aromáticos, ya que posee enzimas que metabolizan estos compuestos contaminantes, por ello tiene un enorme potencial para ser usada en biorremediación. Se realizó una investigación para establecer un pipeline para el ensamblaje del genoma de S. yanoikuyae, a partir de secuencias de Illumina y PACBIO, almacenadas en NCBI. Las secuencias crudas se preprocesaron mediante filtrado y recorte; a través de la implementación de herramientas bioinformáticas en la plataforma de Galaxy y KBase; se hizo el control de calidad en FASTQC obteniendo parámetros como el N50, el tamaño total de ensamblaje y el número de contigs. Además, programas para ensamblaje como SPAdes, Megahit, Skesa o Velvet permitieron realizar un ensamblaje, sin embargo, sus resultados fueron poco precisos y confiables; mientras que, con Unicycler se obtuvo un mejor ensamblaje del genoma completo, destacando el ensamblaje fusionado o híbrido con 89 contigs y una longitud de 5402608 pb. Finalmente, para su anotación se usó Prokka identificando 5045 elementos genéticos.