Evaluación de la diversidad genética de cacao (Theobroma cacao) en la Provincia de Zamora Chinchipe mediante marcadores moleculares microsatélites SSrS - Villacres Castro, Daniel Alejandro (2019)
Las plantaciones de Theobroma cacao en Ecuador especialmente de la variedad Nacional conocido en mercados internacionales como “Fino y de Aroma”, representa uno de los cultivos más importantes del país, aportando de forma positiva a la balanza comercial agrícola. No obstante, en los últimos años la variedad Nacional está siendo reemplazada paulatinamente por genotipos foráneos causando principalmente la disminución en la diversidad genética en variedades de T. cacao en el país. Por lo cual, el objetivo del presente trabajo fue determinar la diversidad genética de muestras de T. cacao recolectadas de diversas zonas de la Provincia de Zamora Chinchipe, debido a que dicha provincia es catalogada como el lugar de domesticación temprana de la variedad Nacional, constituido por recurso genético amplio. Se evaluaron un total de 16 muestras de T. cacao identificadas previamente a través de su genotipo: 3 almendras de Segregación ICS95, 2 almendras de Amazónico, 3 almendras de Súper Árbol, 3 almendras de Nacional, 2 almendras de CCN51 y una muestra ciega codificado con el nombre de Mezclas con el objetivo de medir el potencial discriminante del método aplicado. El análisis de diversidad genética fue realizado a través del uso de siete marcadores moleculares SSRs, con los cuales se pudo obtener un Análisis de Agrupamiento Discriminante de Mínimos Cuadrados Parciales con el uso de un modelo Ortogonal (OPLS-DA por sus siglas en inglés) además de un dendograma basado en la distancia de NEI, del cual se pudo diferenciar dos grupos principales: grupo A incluye a los genotipos identificados fenotípicamente como CCN51 e ICS95, mientras que el grupo B separa los genotipos Súper Árbol y se divide además en un subgrupo conformado por genotipo Nacional y Mezclas (B1-A), cada grupo se encuentra separado en un clúster acorde a su relación fenotípica. Los SSRs aplicados en este estudio identificaron 45 alelos en total con un promedio de 6.43 alelos/locus y un valor promedio PIC de 0.713. En relación con los valores FsT obtenidos, el genotipo Mezclas y Amazónico con valores de 0.454 y 0.388 son genéticamente diferentes de CCN51, en contraste con ICS95, Súper Árbol y Nacional (0.283, 0.246, 0.297) los cuales de cierta forma se encuentran más genéticamente emparentados con CCN51, pero todos los análisis estadísticos demuestran que existe una divergencia genética entre los grupos analizados que concuerdan con los análisis de agrupamiento. Respecto a la diversidad genética (He) y Heterocigocidad observada se obtuvieron valores de 0.746 y 0.223, con lo que se pudo definir que existió una baja diversidad genética entre los genotipos en estudio.