Validación del protocolo de análisis de diversidad genética en Leoncillos (Cebuella pygmaea) mediante el uso de marcadores moleculares microsatélites
- Format
- BachelorThesis
- Status
- publishedVersion
- Description
Cebuella pygmaea also known as Pigmy Marmoset is considered the smallest species of primates in Ecuador which is currently considered in the IUCN list as a vulnerable species. Genetic diversity studies result fundamental for the conservation and stability of the species to guarantee their care and protection. If non-invasive sampling techniques (feces, hair or urine) are used for the study, this becomes critic as DNA extracted from these sources may have quality problems (degradation, inhibitors and contaminants) that make subsequent molecular analysis difficult and results reliability diminishes. This is aggravated if specific DNA markers are not available for the amplification of DNA of the tested species. The objective of the present study was to determine the required number of PCR replications to ensure an acceptable level of reliability of the obtained results using Pigmy Marmoset feces samples as DNA sources and heterologous primers designed to amplify microsatellites regions from Callithrix jaccus. Thirty five feces samples of Pigmy Marmosets from “Yanacocha” Rescue Center in Puyo were analyzed. DNA was extracted and several PCR replications were performed using five pairs of heterologous primers, following the multiple tubes approach. It was determined that the main types of error for the analysis of non-invasive samples correspond to a wrong genotyping due to the presence of false alleles and non-detection of heterozygotes. From the five primers used in this study only two are within the recommended ranges recommended in the literature (CJ11 and CJ14). The remaining three should not be used in studies of genetic diversity for C. pygmaea due to the number of replications needed to obtain results (CJ1, CJ7 y CJ15). It is expected that the results of this study help define appropriate protocols to reliably determine the genetic diversity of C. pygmaea populations and thereby make the right decisions for their conservation and determine a factor of genotype correspondence to improve genetic diversity analysis using the set of primers used in this study.
El leoncillo (Cebuella pygmaea), es una de las especies de primates más pequeñas del Ecuador, que actualmente es considerada en la lista del IUCN como una especie vulnerable. El estudio de la diversidad genética resulta fundamental para la conservación y estabilidad de las especies para así garantizar el cuidado y protección de las mismas. Si se utilizan técnicas de muestreo no invasivas (heces, orina, pelo) para el estudio de diversidad genética del leoncillo, este estudio se vuelve crítico ya que el ADN extraído de este tipo de muestras presenta problemas de calidad (degradación, presencia de inhibidores y contaminantes) que dificultan los posteriores análisis moleculares y restan confiabilidad a los resultados. Esto se agrava, si no se cuenta con marcadores específicos para la amplificación de ADN de la especie analizada. El objetivo de la presente investigación fue determinar el número de réplicas de PCR requeridas para asegurar un nivel aceptable de confiabilidad de los resultados obtenidos en muestras de heces de leoncillos como fuente de ADN y primers heterólogos desarrollados para amplificar regiones microsatélites en Callithrix jaccus. Se analizó 35 muestras de heces provenientes de leoncillos del Centro de Rescate Yanacocha en Puyo, se extrajo el ADN y se realizaron varias repeticiones de PCR con cinco pares de primers heterólogos, siguiendo el enfoque de “tubos múltiples”. Se determinó que, el genotipaje incorrecto por la presencia de falsos alelos y la no detección de heterocigotos, es el principal error que se presenta en los estudios con muestras no invasivas. De los cinco marcadores utilizados en este estudio únicamente dos se encuentran dentro de los rangos recomendados en la literatura (CJ11 y CJ14). Los tres restantes no deberían ser utilizados en estudios de diversidad genética para C. pygmaea por el número de repeticiones requeridas para obtener resultados (CJ1, CJ7 y CJ15). Con los resultados obtenidos, se espera poder definir protocolos adecuados para determinar, de manera confiable, la diversidad genética de las poblaciones de leoncillos y con ello definir medidas adecuadas para su conservación y determinar un factor de correspondencia de genotipos que ayude a mejorar el análisis de diversidad genética utilizando el set de primers utilizados en este estudio.
- Publication Year
- 2016
- Language
- spa
- Topic
- Monos
Diversidad Genética
Leoncillos
Marcadores Moleculares
CIENCIAS
ZOOLOGÍA
- Repository
- Repositorio Universidad San Francisco de Quito
- Get full text
- http://repositorio.usfq.edu.ec/handle/23000/5190
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ec/