Cuantificación relativa de la expresión de genes candidatos de tolerancia a salinidad en tomate de árbol (Solanum betaceum) mediante la técnica RT-qPCR
- Format
- BachelorThesis
- Status
- publishedVersion
- Description
Tree tomato (S. betaceum) is a native Andean crop highly attractive because of it’s flavor and antioxidant content. Recent in vitro studies have demonstrated the plant’s ability to grow at high salt concentrations. Due to climate change salinity stress has gained relevance in global agriculture. This plant represents an attractive resource to study genetic mechanisms behind crops adaptability to marginal soils. In our laboratory, using differential display we identified candidate genes associated with salt tolerance. The aim of this study was to characterize and validate the expression pattern of 9 of the identified genes. This was achieved using RT-qPCR analysis and comparing between salt tolerant genotype Chaltura (Imbabura, Ecuador) and salt sensitive Quero (Tungurahua, Ecuador). RPL8 and TIP41 genes were used as internal controls for RT-qPCR analysis. Overall, it was possible to determine the expression pattern of 4 candidate genes. Out of this, 3 genes were associate with plant cell wall and 1 with photosynthesis. The expression pattern was consistent with the one observed in RT-qPCR analysis for 3 out of 4 genes. These results suggest that there exist a mechanism underlining salt tolerance in S. betaceum.
El tomate de árbol (Solanum betaceum) es un cultivo nativo de los Andes muy atractivo debido a sus características organolépticas y alto contenido de antioxidantes. Recientes estudios in vitro demostraron la habilidad de esta planta para crecer en altas concentraciones de sal. Los efectos del cambio climático en la agricultura cada vez son mayores y en este contexto el estrés salino ha ganado notoriedad. El tomate de árbol representa un recurso atractivo para estudiar los mecanismos genéticos detrás de la adaptabilidad de este cultivo a suelos marginales. En un estudio realizado previamente en nuestro Laboratorio, se identificó genes candidatos de tolerancia a estrés salino en este cultivo mediante despliegue diferencial. El objetivo de este estudio fue caracterizar y validar el patrón de expresión de 9 de estos genes. Para esto se contrastó, mediante RT-qPCR, la expresión de un genotipo tolerante a la salinidad proveniente de Chaltura (Imbabura, Ecuador) y uno sensible de Quero (Tungurahua, Ecuador). Como es la primera vez que se estudia la expresión génica en esta especie, fue necesario estandarizar la metodología de RT-qPCR mediante la selección apropiada de un control endógeno. Después de un estudio de estabilidad se escogieron a los genes RPL8 y TIP41 como controles internos. Además, se logró cuantificar la expresión genética de 4 genes candidatos de tolerancia a salinidad en tomate de árbol. De estos, 3 genes estuvieron relacionados con la pared celular y 1 con fotosíntesis. El perfil de expresión coincidió con el predicho en el despliegue diferencial en 3 de los 4 casos. Estos resultados sugieren la existencia de un mecanismo que explica la tolerancia a salinidad en S. betaceum.
- Publication Year
- 2017
- Language
- spa
- Topic
- Tomate de Árbol
Genética
Suelos Salinos
Biotecnología
CIENCIAS AGROPECUARIAS
CULTIVOS VEGETALES
- Repository
- Repositorio Universidad San Francisco de Quito
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- http://repositorio.usfq.edu.ec/handle/23000/6556
- Rights
- openAccess
- License